Keith convince Lloyd, il suo amico giornalista, non solo a pubblicare tutto quello che ha scoperto sul caso di Lilly Kane, ma anche ad intervistare Cheyenne, la prostituta che era con Koontz al momento dell'omicidio.  In questo modo il caso viene riaperto.

Beaver confessa a Veronica che, il giorno dell'omicidio, Logan non era in Messico, come aveva detto, ma era tornato a Neptune per parlare con Lilly. Il ragazzo viene arrestato, ma rilasciato poco dopo per insufficienza di prove.

In camera di Lilly, Veronica trova dei video della ragazza che fa sesso con Aaron Echolls: capisce così che Lilly aveva rubato i nastri, minacciando di renderli pubblici; l'attore, quindi, l'ha inseguita a casa e l'ha uccisa in preda all'ira. Quando Duncan è tornato a casa ed ha trovato il corpo privo di vita della sorella, è rimasto scioccato, e per questo ha dimenticato tutto. I genitori, trovando il figlio coperto di sangue, abbracciato a Lilly, hanno pensato che l'avesse uccisa durante un attacco di epilessia: per questo motivo hanno cercato di depistare le indagini ed hanno corrotto Abel Koontz.

Aaron tenta di recuperare le cassette minacciando Veronica e picchiando Keith, ma durante la fuga viene investito e Veronica riesce a chiamare la Polizia.

Jake Kane viene arrrestato per aver coperto l'omicidio di Lilly.

Il test del DNA prova che Keith è senza alcun dubbio il padre di Veronica.

Veronica scopre che Lianne non si è davvero disintossicata e continua a bere, per questo la caccia di casa. La madre, però, prima di sparire, ruba l'assegno della taglia su Duncan, avuto dai Kane.

Durante la notte, Veronica viene svegliata da qualcuno che bussa alla porta. Scopriremo chi è nella seconda stagione…