Wallace vuole volare da Jakie a Parigi, ma la ragazza, avvisata da Veronica, lo raggiunge all'aeroporto di New York e gli racconta tutta la verità su di lei: sua madre non è una modella, ma una cameriera di Brooklyn, con cui Terrence aveva passato una notte di sesso 18 anni prima. Un anno prima Jakie aveva avuto dei problemi con la droga e con l'acool ed era rimasta incinta; la madre, quindi, aveva deciso di mandarla dal padre per allontanarsi dai guai e intanto aveva cresciuto il nipote, mentre la figlia era Neptune. Jackie alla fine ha capito che il suo posto era a casa sua accanto al figlio e saluta Wallace dicendogli che quella ora è la sua vita.

Keith e Veronica stanno per partire per New York, una settimana dopo il diploma, ma quando sta per andare all'aeroporto, Keith viene fermato da Kendall che gli mostra il contenuto di una misteriosa valigetta. Veronica attende invano suo padre all'imbarco.

Aaron incontra Veronica nell'ascensore al Neptune Grand e le confessa chiaramente di aver ucciso Lilly, ma ormai nessuno lo può più condannare.

Mentre Aaron si riposa nella sua suite, dopo aver fatto sesso con Kendall, qualcuno si introduce in camera e gli spara alla testa. E' Clarence Wiedman, che ha ucciso l'uomo per conto di Duncan, che ora si trova in Australia.

Durante la cerimonia del diploma, Weevil viene arrestato in connessione all'omicidio di Thumper.

Il signor Manning offre una cospicua ricompensa per la cattura di Woody Goodman; Keith, quindi, con l'aiuto di Vinnie Vanlowe, riesce a trovarlo e a catturalo. Woody, pur ammettendo di aver molestato dei ragazzini, continua a negare di aver fatto esplodere lo scuolabus. Keith si prepara a riportarlo indietro sull'aereo privato dello stesso Woody.

Veronica cerca di rintracciare tutti i membri della squadra dei pulcini di Woody Goodman, controllando con una foto di gruppo, ma scopre che anche Cassidy Casablancas faceva parte della squadra, ma era assente nella foto.

Anche Cassidy era stato molestato da Woody, Peter e Marcos, quindi, volevano rivelare tutto quello che aveva fatto loro, ma lui no, per questo gli ha uccisi facendo saltare l'autobus, detonando la bomba mentre era sulla limousine. Cassidy ha chiesto l'esplosivo a Curly Moran: per questo l'uomo dopo l'incidente era così dispiaciuto per i ragazzi ed era andato ad accendere una candela sul luogo del disastro.

Cassidy, inoltre, con una chiamata anonima, convinse i motociclisti che il colpevole era Curly, che per ordine dei Fitzpatrick, doveva eliminare Cervando. Dopo che Weevil aveva picchiato Curly, quindi, Cassidy l'ha ucciso e, prima di gettarlo già dalla scogliera, gli ha scritto il nome di Veronica su una mano per sviare le indagini.

Veronica capisce che Cassidy è implicato con l'incidente e spedisce un messaggio a Mac, per avvisarla di non restare sola con lui, ma l'sms viene intercettato dal ragazzo, che, fingendosi Mac, fissa un appuntamento con Veronica sul tetto.

Mentre sul tetto Cassidy minaccia Veronica con una pistola, la ragazza scopre di aver contratto la clamidia per colpa sua: alla festa di Shelly Pomroy, infatti, Cassidy, che aveva preso la malattia da Woody, l'aveva davvero violentata, prima dell'arrivo di Duncan.

Veronica capisce che, nel file con le voci di Marcos e Peter, la voce mancante è quella di Cassidy e che lui stesso l'ha mandato a Goodman, non Lucky. Cassidy, infatti, ha minacciato il sindaco perché facesse fallisse l'incorporazione, in modo che i propri investimenti immobiliari avessero successo. Woody, quindi, ha inscenato lo scandalo della ragazza svenuta nel motel per farsi cattiva pubblicità.

Cassidy rivela a Veronica di aver messo una bomba sull'aereo di Goodman, dove ora si dovrebbe trovare anche Keith, e, dopo averle detto che ora non ha più bisogno del sindaco, il ragazzo fa esplodere il velivolo nel cielo di Neptune. Keith, però, non è sull'aereo perché all'ultimo momento Lamb lo ha chiamato dicendogli di scendere e di tornare in auto da solo.

Dopo una lotta con Veronica e Logan, Cassidy decide di uccidersi gettandosi dal tetto.

Kendall eredita tutti i soldi della società immobiliare di Cassidy, per la quale faceva da prestanome, e si ritrova così con otto milioni di dollari.